Beliau meninggal dunia dalam satu kemalangan ngeri bersama isterinya Ustazah Asiah Kamaruddin yang juga Naib Ketua Muslimat PAS Pusat di Kuantan ketika dalam perjalanan pulang ke Perak dari Kelantan pada 6hb Mei 1964. Beberapa jam sebelum itu beliau sempat menyampaikan amanat kepada pimpinan dan Ahli Dewan Undangan Negeri Kelantan di Dewan PAS Kelantan di Jalan Dato' Pati, Kota Bharu, Kelantan yang dikenali 'Amanat Terakhir Prof. Zulkifli Muhammmad'. Beliau disemadikan di kampung halaman beliau di Kg Kota Lama Kiri,Kuala Kangsar,Perak.

Sempena mengenang jasanya kepada parti, dewan di Pejabat PAS Kelantan di Jalan Dato' Pati, Kota Bharu (Tempat Tuan Guru Dato' Haji Nik Ab Aziz Nik Mat menyampaikan kuliah Pagi Jumaat sekarang) dinamakan'Dewan Zulkeflee Muhammad' bersempena nama beliau. Beliau juga dianugerahkan Darjah Dato' Paduka Mahkota Kelantan oleh Sultan Kelantan,Sultan Yahya Petra yang membawa gelaran 'Dato' pada 11 Julai 1964.Beliau juga dianugerahkan gelaran 'Profesor' dari Universitas Sawerigading,Makassar, Indonesia sewaktu beliau masih berkhidmat di Kolej Islam, Kelang.